| 1） 算例说明：
1）对大小40~50 GB 的原始32帧movie（293张）进行motion-correction，得到矫正位移后的
micrographs；
2）利用CTFFIND4 软件对micrographs进行衬度信息传递，求解方程contrast transfer function；
3）对micrographs中的颗粒进行挑选，这里采用reference-free的Laplacian-of-Gaussian算法。捕
获颗粒坐标后，对相应坐标位置的颗粒图形进行提取，获取约 3.6 GB大小的颗粒。
4）2D测试时，利用最大似然法对蛋白颗粒进行分类；3D测试时，采用最大似然法和傅里叶变换
进行三维重构。
4）已经提取的颗粒进行2D或3D Classification，分别采取分类数k=10与1，迭代次数iter=3，每次
向内存输入16个颗粒，总颗粒数94,000个。搜索角度参数：offset_range=5、offset_step=2，对
称性设置：sym=C1。 2） 测试结果解析： • 每卡分配单个进程时速度最快 • 4卡NVLink平台与4卡PCIe4平台下的速度比为：
342 / 206 = 1.66
• NVLink平台下，并行度从4卡扩展至8卡时，效率为：
87% • 计算量估计：2.3卡•年 NVLink 平台下扩展到8卡时，依然具有较高的并行效率（ 卡时，依然具有较高的并行效率（87%） 3） 测试结果解析 • 每卡分配单个进程时速度最快 • 4卡NVLink平台与4卡PCIe4平台下的速度 比为：1487 / 566 = 2.6 • NVLink平台下，并行度从4卡扩展至8卡 时，效率为：68% • 计算量估计：2.9 卡•年 NVLink平台相比PCIe平台具有显著的计算速度优势（ 平台具有显著的计算速度优势（4卡时2.6倍） 4） |
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